Di origini modeste fu autodidatta negli studi, divenne professore a Pisa, direttore del Giardino dei Semplici in Firenze e botanico di fama internazionale.
Esperto osservatore e conoscitore delle piante e dei loro ambienti, fu ideatore di importanti società scientifiche fra le quali la Società Botanica Fiorentina fondata nel 1716.
Realizzò il più grande erbario Italiano dell’epoca con oltre 18.000 campioni di fanerogame dei quali oltre la metà da lui raccolti.
Pier Antonio Micheli è universalmente considerato il fondatore della micologia in virtù della sua opera "Nova plantarum genera" (anno 1729) dove descrive oltre 900 nuove specie di funghi.
Utilizzando il microscopio per le sue indagini scopri e documentò le spore, i basidi e i cistidi.
Valente disegnatore pubblicò la immagini delle sue osservazioni nei suoi libri.
Rappresentò, per la prima volta, con illustrazioni gli organi riproduttivi fungini dimostrando che essi si riproducono per mezzo di spore.
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